Os rios do Tajiquistão são de fluxo total e pertencem principalmente à bacia do Mar de Aral. E apenas alguns fluem para as águas do lago Karakul ou do rio Tarima.
Rio Amu Darya
O canal do Amu Darya passa pelo território de quatro países ao mesmo tempo - Afeganistão, Tadjiquistão, Uzbequistão e Turcomenistão. O comprimento total do canal é de 2.400 quilômetros. Destes, 1.415 quilômetros passam pelo país. A nascente do Amu Darya é formada pela confluência de dois rios - Vakhsh e Pyanj. A foz do rio são as águas do Mar de Aral (na confluência forma um grande delta).
Existem poucos afluentes perto do rio. Em média, o Amu Darya recebe as águas de Kafirnigan, Surkhandarya e Sherebad, bem como um afluente esquerdo - o rio Kunduz. E mais adiante, até o local da confluência, não há mais afluentes. As águas do rio são usadas ativamente e, portanto, o Amu Darya não chega ao Mar de Aral. Este é exatamente o que se tornou um dos motivos de seu esgotamento.
Nas águas do Amu Darya, existem algumas variedades diferentes de peixes: asp; homem careca; bagre aral; brema; peixe-sabre; carpa prateada; Amur branco; ódio.
Rio Vanj
Um dos rios, cujo canal está localizado exclusivamente no território do Tajiquistão. É um afluente direito do rio Pyanj. O comprimento total do rio é de 103 quilômetros. A nascente é formada pela confluência de dois rios - um desce das geleiras da cordilheira Vanch e o outro da cordilheira da Academia de Ciências (encosta oeste). O canal passa entre as cristas Vanch e Darvaz.
Rio Kashkadarya
Territorialmente, o leito do rio passa pelas terras do Tajiquistão (região de Sughd) e do Uzbequistão (região de Kashkadarya). Convencionalmente, o rio tem três nomes: nos trechos superiores - Obikhunda; o curso do meio - Shinachasai; inferior - Maimanakadarya.
O comprimento total do canal é de 378 quilômetros. A nascente do rio encontra-se a uma altitude de 2.960 metros acima do nível do mar e é formada por dois rios sem denominação. Principais afluentes: Akdarya (Aksu); Tanhidizadarya; Guzardarya.
Rio Muksu
O comprimento total do canal é de 88 quilômetros. Muksu está localizado na região de Jirgatal, no Tajiquistão. A origem é a confluência de dois rios: Seldara e Sauksoy (geleiras Fedchenko e Bolshoi Saukdar).
Rio Kuzylsu
Kyzylsu, que significa "rio vermelho", atravessa o território do Quirguistão e do Tadjiquistão. A fonte são as encostas da cordilheira Trans-Alai. O comprimento total do canal é de 235 quilômetros. Na confluência com o rio Muksu, dá origem ao rio Vakhsh.
Rio Vakhsh
O comprimento total do canal do rio é de 786 quilômetros, e todos eles passam pelo território do Tajiquistão. A nascente do rio está nas encostas do Pamir, mas o local de sua confluência com as águas do rio Pyanj dá origem ao grande Amu Darya. O rio é a principal fonte de irrigação e também de geração de energia.
